William Henry Burr, penulis dari Self-Contradictions of the Bible, pasti akan berpesta pora jika memakai Quran sebagai subjeknya, karena Quran padat dengan kontradiksi. Tapi pesta Burr hanya akan berumur pendek saja; karena para teolog muslim punya doktrin yang nyaman buat mereka, yang seperti Hughes[20] katakan, “klop dengan efek manfaat yang sepertinya sudah menjadi satu keistimewaan dalam karir kenabian Muhammad.” Menurut doktrin ini ayat2 tertentu dari Quran dibatalkan dan diganti dengan ayat yang lain yg berbeda dan kadang bertentangan artinya dari ayat yang digantikan. Ini diajarkan oleh Muhammad dalam surah 2.106: “Ayat mana saja yang Kami nasakhkan, atau Kami jadikan (manusia) lupa kepadanya, Kami datangkan yang lebih baik daripadanya atau yang sebanding dengannya.” Menurut al-Suyuti, jumlah ayat2 yang digantikan diperkirakan berkisar dari 5 sampai 500 ayat. Margoliouth[21] berkomentar tentang ini:

Untuk ini cukup ambil satu wahyu dan gantikan ayat lainnya, Muhammad bilang ini diijinkan Tuhan. Meski meragukan tapi jelas ini masih dalam kekuasaan manusia dan meski bagi kita heran betapa begitu mudahnya sebuah prosedur boleh dipakai dalam sebuah sistem, baik bagi sekutu ataupun bagi musuh2nya.

Al-Suyuti memberi contoh surah 2.240 sebagai ayat yang digantikan oleh ayat 234. Bagaimana bisa sebuah ayat awal menggantikan ayat yang datang kemudian? Jawabannya tergantung pada cara bagaimana para muslim tradisional mengurutkan surah dan ayatnya, yaitu tidak secara kronologis, para penyusun menempatkan surah yang panjang sebagai surah awal. Para komentator telah memutuskan bahwa urutan kronologis ini hanya utk alasan doktrin semata; scholar barat juga pernah memutuskan utk mengurutkan secara kronologis. Meski terdapat banyak perbedaan mendetil, tapi sepertinya ada persetujuan tak resmi mengenai surah mana yang menjadi ayat Periode Mekah dan yang mana sebagai ayat Periode Medinah. Perhatikan bagaimana periode waktu begitu mengikat kalimat2 “abadi” sang Allah ini.

Muslim berhasil keluar dari satu kesulitan hanya utk kemudian masuk kedalam kesulitan lainnya. Pantaskah Tuhan yang Maha Kuasa, Maha Ada dan Maha Tahu merevisi perintah-perintahNya sampai sebanyak itu? Apa dia perlu mengeluarkan perintah yang harus diperbaiki, diganti, direvisi sesering itu? Kenapa Dia tidak memberi yang betul saja langsung ketika pertama diturunkan? Kenapa tidak bisa yg benar saja langsung pertama kali diturunkan? Padahal Dia itu Maha Bijaksana? Kenapa dia tidak keluarkan yang paling hebat saja langsung? Meminjam perkataan Dashti[22], :

Kayaknya tukang ejek juga ada jaman dulu itu dan mereka rajin mengejeknya. Dan sebuah jawaban diberikan utk mereka dalam ayat 101 dan 102 surah 16: “Dan apabila Kami letakkan suatu ayat di tempat ayat yang lain sebagai penggantinya padahal Allah lebih mengetahui apa yang diturunkan-Nya, mereka berkata: “Sesungguhnya kamu adalah orang yang mengada-adakan saja”. Bahkan kebanyakan mereka tiada mengetahui. Katakanlah: “Ruhul Qudus (Jibril) menurunkan Al Qur’an itu dari Tuhanmu dengan benar, untuk meneguhkan (hati) orang-orang yang telah beriman, dan menjadi petunjuk serta kabar gembira bagi orang-orang yang berserah diri (kepada Allah)”.

Dengan asumsi bahwa Quran itu perkataan Tuhan, harusnya tidak ada bekas2 intelektual manusia yang tidak sempurna dalam apa2 yang Tuhan katakan. Tapi dalam dua ayat ini jelas2 ada ketidak pantasan. Tentu Tuhan ‘tahu’ apa yang Dia turunkan. Utk alasan itu saja mengganti satu ayat dengan ayat lainnya akan membuat orang curiga. Terbukti bahkan orang2 Arab Hijazi yang tidak terpelajar dan sederhanapun bisa mengerti bahwa Allah SWT yang seharusnya tahu yg terbaik bagi hambaNya akan langsung menurunkan yang terbaik dan tidak akan berubah pikiran seperti makhluk tak sempurna lainnya.

Doktrin penggantian in juga menjadi bahan ejekan bagi dogma Muslim yang meyakini bahwa Quran itu reproduksi dari ayat Asli yang ada disimpan di Surga yang tak berubah satu titikpun. Jika perkataan tuhan itu abadi, tidak tercipta dan universal kepentingannya, lalu bagaimana bisa kita mengatakan bahwa perkataan Tuhan telah digantikan atau telah usang? Apakah Tuhan lebih suka perkataan anu dibanding perkataan ani? Sepertinya iya. Menurut Muir sekitar 200 ayat telah dibatalkan dan diganti oleh yang lebih baru. Dg demikian kita mendapatkan situasi yang aneh dimana keseluruhan Quran diucapkan sebagai perkataan Tuhan, tapi ada ayat2 yang dianggap tidak “benar”; dengan kata lain, 3 persen dari Quran diakui palsu.

Mari kita lihat contoh. Setiap orang tahu muslim tidak boleh minum arak karena dilarang dalam surah 2.219; tapi banyak yang pastinya kaget membaca Quran surah 16.67, “Dan dari buah kurma dan anggur, kamu buat minuman yang memabukkan dan rezeki yang baik. Sesungguhnya pada yang demikian itu benar-benar terdapat tanda (kebesaran Allah) bagi orang yang memikirkan.” Rodwell menerjemahkan dengan ‘wine’. Dawood menerjemahkan ‘intoxicant ‘ (minuman keras) dan Pickthall menuliskan ‘strong drink’ dan Sale, dengan pesona abad 18 menuliskan ‘inebriating liquor’ menggantikan ‘wine’. Yusuf Ali mengaku bahwa kata Arab yang tepat adalah ‘sakar’ artinya ‘wholesome drink’, dan dalam sebuah catatan kaki dia berkeras bahwa yang dimaksud adalah minuman tak beralkohol; tapi kemudian, diakhir kalimat dia menambahkan bahwa jika ‘sakar’ harus diambil arti harafiahnya, berarti anggur fermentasi, dan ini mengacu pada saat sebelum minuman keras dilarang: ini adalah surah Mekah dan larangan muncul di Medina.”

Sekarang kita bisa melihat dan mengerti betapa berguna dan nyamannya doktrin Penggantian (Abrogasi) ini utk menyelamatkan para scholar muslim keluar dari segala kesulitan. Tapi tetap mengandung masalah bagi para pembela Islam karena semua ayat2 yang mengajarkan toleransi ada dalam Surah Mekah, yakni Surah2 awal, dan semua ayat2 yang membolehkan pembunuhan, pemancungan dan penganiayaan ada dalam surah Medina. “Toleransi” telah diganti oleh “Intoleransi”. Contohnya, ayat terkenal Surah 9.5, “bunuhlah orang-orang musyrikin itu di mana saja kamu jumpai mereka” katanya telah membatalkan sekitar 124 ayat yang menganjurkan toleransi dan kesabaran.